Para além dos projetos estruturantes que estiveram na origem do Memorial, Cacheu tem acolhido projetos de investigação e iniciativas científicas nacionais e internacionais, desenvolvidos em parceria com universidades e centros de investigação.
- A Town of Three Worlds (2021–2022) – Arqueologia – National Geographic
- Ecologias da Liberdade (2022–2024) – FCT / Universidade de Lisboa
- Topografias do Tráfico Negreiro ao longo do Rio Cacheu (2021–2024) – FCT
- TeM.P.orA (2021–2022) – Universidade IULM de Milão
- Apropriação participativa de memórias fotográficas coloniais (2020–2022)
